DNF的剧情根植于一个魔法与科技并存的阿拉德大陆。远古时代，伟大的意志卡罗索在创世后分裂为十二道光芒，即十二使徒。他们曾是引导文明的“神明”，却因力量失控被预言为毁灭世界的“邪恶存在”。冒险家们自进入格兰之森起，便卷入使徒与人类文明的纠葛。
帝国时代，佩鲁斯帝国以贝尔玛尔公国为中心，掌控神器“空间裂缝”技术。当使徒希洛克被转移至悲鸣洞穴，帝国派遣暗精灵探查，却引发灾难——希洛克的精神污染扭曲了周围生物，留下吞噬灵魂的诅咒。卡赞与奥兹玛的悲剧也源于此：奥兹玛被帝国诬陷叛国，在临终前与死神签署契约，化为混沌之鬼神，将血之诅咒散布人间。
大转移事件是剧情分水岭。在赫尔德（第二使徒）的阴谋下，魔界与阿拉德发生空间重叠，导致大陆板块崩裂，天空之城坠落，曾经的都城赫顿玛尔被毁。冒险家们被迫转移至新生的西海岸和苍穹贵族号，并发现时空裂缝中隐藏着使徒的真相：原来赫尔德的计划是为了修复魔界，却以牺牲阿拉德为代价。
随着剧情推进，冒险家逐一挑战使徒：在悲鸣洞穴击杀希洛克，在安徒恩的火焰中保护天界，在卢克的实验室对抗寂静城的造物。每个使徒的死亡都引发连锁反应，尤其是奥兹玛的复活——他借助黑色大地与混沌之力，试图让整个阿拉德陷入绝望。此时，系统助手引导冒险家与暗精灵、虚祖圣职者结盟，最终在圣者之鸣号上击败奥兹玛，但世界并未因此安宁。
最新的主线聚焦于“时空裂缝”的失控，冒险家穿越至过去与未来，目睹无数平行宇宙中使徒的结局。同时，天界机械革命与魔界盟会交织，使徒的“权能”成为各方争抢的目标。而冒险家自身的来历也成谜——部分剧情暗示他们是卡罗索的碎片之一，肩负维持世界平衡的使命。
DNF的剧情擅长以悲剧渲染史诗感：使徒并非纯粹的恶，他们的狂暴源于孤独和对故乡的思念。例如希洛克渴望阳光，安徒恩只是疯狂进食，而狄瑞吉则因瘟疫被驱逐。这种反差让玩家在战斗中感受到无奈，也解释了为何许多NPC对使徒抱有同情。编年史中，“悲鸣洞窟之谜”“卡赞的诅咒”“赫尔德的自白书”等文本进一步补全设定，形成庞大的叙事网络。